Δομή της Ακαδημίας
Глава Московской духовной академии — ректор — епископ Сергиево-Посадский и Дмитровский Кирилл.
Ректор Московской духовной академии назначается на должность указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси на основании определения Священного Синода Русской Православной Церкви.
Ректор руководит Московской духовной академией и семинарией в соответствии с академическим Уставом, при посредстве заместителей (проректоров), утверждаемых в должности Святейшим Патриархом Московским и всея Руси.
Ректором утверждается внутренний распорядок и регламент работы, полномочия структурных подразделений и должностные обязанности работников Московской духовной академии, а также, в пределах своей компетенции, издаются приказы, распоряжения, указания, обязательные для исполнения работниками Московской духовной академии: бакалавриата, магистратуры и аспирантуры, регентского и иконописного отделений.
Коллегиальным органом, осуществляющим общее руководство образовательной и научно-исследовательской деятельностью Академии, отвечающим за выработку приоритетов и принципов развития Академии, утверждение основного нормативного обеспечения деятельности Академии и повышение эффективности деятельности образовательного и воспитательного процесса, является Ученый совет Академии.
В состав Ученого совета Академии входят Ректор Академии, который является его Председателем, проректоры, Председатель Научно-методического совета, заведующие Отделением заочного обучения, Регентского и Иконописного отделений, заведующий библиотекой, заведующие и секретари кафедр и отделений, штатные профессоры и доценты Академии.
Проректоры, секретарь Ученого совета, заведующие Отделения заочного обучения, Регентского и Иконописного отделений, помощники Ректора, составляют администрацию Московской духовной академии.
Проректор по учебной работе организует учебный процесс и учебно-методическую работу в Московской духовной академии. С 2020 года проректором по учебной работе является священник Павел Лизгунов.
Проректор по научно-богословской работе организует научную работу в Московской духовной академии. С 2012 года на этой должности находится протоиерей Александр Задорнов.
Проректор по воспитательной работе осуществляет общее руководство воспитательной работой в Московской духовной академии. С 2024 года на этой должности находится игумен Даниил (Василенко). В деятельности проректора по воспитательной работе ему помогают старший помощник проректора по воспитательной работе — с 2022 года старшим помощником является иеромонах Кассиан (Плоский) — а также дежурные помощники проректора по воспитательной работе, осуществляющие непосредственную воспитательную и организационную работу со студентами. Проректор по воспитательной работе вместе со своими помощниками и курсовыми наставниками составляют педагогическое совещание, подотчетное административному совещанию.
Секретарь Ученого совета осуществляет подготовку заседаний Ученого совета, составляет протоколы заседаний и следит за исполнением их решений. В 2010 году секретарем Ученого совета назначен игумен Адриан (Пашин).
Заведующий аспирантурой осуществляет общий контроль над деятельностью аспирантуры, ведет надзор над процессом научного руководства по подготовке диссертационного исследования и выполнением аспирантом индивидуального учебно-научного плана. В 2022 году заведующим аспирантурой назначен игумен Дионисий (Шленов).
Заведующий Регентским отделением контролирует деятельность Регентского отделения Московской духовной академии. С 29 сентября 2016 года заведующий Регентским отделением — игумен Лазарь (Гнатив).
Заведующий Иконописным отделением контролирует деятельность Иконописного отделения Московской духовной академии. С 1996 года должность утверждена за архимандритом Лукой (Головковым).
Заведующий Отделением заочного обучения осуществляет руководство Отделением заочного обучения Московской духовной академии, включая филиалы. С 1997 года заведующим ОЗО назначен протоиерей Сергий Маратканов. Заместителем заведующего ОЗО является протоиерей Сергий Забелич.
Помощник ректора по представительской работе обеспечивает представительские мероприятия в Московской духовной академии. С 2018 года помощник ректора МДА по представительской работе — священник Александр Кузнецов.
Руководитель отдела по связям с общественностью и пресс-секретарь МДА представляют ректора и администрацию Академии в контактах со СМИ и контролируют деятельность пресс-службы МДА. С февраля 2021 года должность руководителя отдела занимает иеромонах Михей (Копытов).
Ректором назначаются также:
- Духовник Московской духовной академии – архимандрит Иларион (Форкавец);
- Ключарь Покровского академического храма – иеромонах Кассиан (Плоский);
- Благочинный Покровского академического храма – иеромонах Варнава (Лосев);
- Ключарь семинарского храма преподобного Иоанна Лествичника – архимандрит Михаил (Борей).